ウイルスの型に関して - 馬鹿につける薬

昨今流行しているウイルスには早い段階で２つの型が存在する事がわかっている。

On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2
National Science Review, nwaa036, in press
DOI: 10.1093/nsr/nwaa036

・本記事の結論

おそらく初期に流入したウイルスの封じ込め（クラスター追跡）の最中に別のウイルスが持ち込まれて、そちらの封じ込めには失敗しているのが現状。今後変異型のさらなる発生は排除できない。北海道においても、自粛疲れもあり、今後気が緩んできた時に再度、第二波が生じる可能性は十分にある。引き続き気を緩めないことが何より重要。また、変異型が生じても、接触機会の抑制、手洗い等の外出後・接触時の洗浄が重要であることは変わりない。

以下論文の紹介です。

・論文の要約*1

著者らは、これまで単離・sequencingされてきたウイルスにおける変異に対して分子系統学的解析を実施した。この結果、コロナウイルスはL型・S型の２種類存在することが分かり、武漢外ではL型が約60%であるのに対し、武漢市内では約96%であった。この結果は、L型ウイルスがより高い毒性・感染力を有しており、武漢市内における異常な感染者数の高さ、致死率の高さをもたらしている可能性を示唆している。加えて、分子系統学的な解析から、S型の変異型がL型であると考えられる。

・変異箇所について

Spikeタンパク質と受容体結合タンパク質に変異が見られ、ウイルスのentry, releaseの正当は上がっている可能性がある。しかし、いずれにせよ構成するタンパク質が全く変化したということではないため、手洗い等の外出後・接触時の洗浄が重要であることは変わりない。

・この論文が出てから今日までの状況

Europeで流行しているのは、L型だと言われている（*2,

*3。また、以下のリンクに示す横浜市立大　佐藤教授は、ヨーロッパ型の感染力が（特にスペイン等で）強いということを示している。首都圏・関西圏で散発的に生じているクラスター不明感染者が、ヨーロッパからの帰国者による感染である場合には、フィッティングに用いるパラメーターを初期のS型が主流だった中国全体での伝染力を根拠にしないほうが良いかもしれない。なお、ヨーロッパ型の感染者増加を元に佐藤教授は、2%までの接触抑制を訴えている*4

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*1:ABSTRACT
The SARS-CoV-2 epidemic started in late December 2019 in Wuhan, China, and has since impacted a large portion of China and raised major global concern. Herein, we investigated the extent of molecular divergence between SARS-CoV-2 and other related coronaviruses. Although we found only 4% variability in genomic nucleotides between SARS-CoV-2 and a bat SARS-related coronavirus (SARSr-CoV; RaTG13), the difference at neutral sites was 17%, suggesting the divergence between the two viruses is much larger than previously estimated. Our results suggest that the development of new variations in functional sites in the receptor-binding domain (RBD) of the spike seen in SARS-CoV-2 and viruses from pangolin SARSr-CoVs are likely caused by mutations and natural selection besides recombination. Population genetic analyses of 103 SARS-CoV-2 genomes indicated that these viruses evolved into two major types (designated L and S), that are well defined by two different SNPs that show nearly complete linkage across the viral strains sequenced to date. Although the L type (∼70%) is more prevalent than the S type (∼30%), the S type was found to be the ancestral version. Whereas the L type was more prevalent in the early stages of the outbreak in Wuhan, the frequency of the L type decreased after early January 2020. Human intervention may have placed more severe selective pressure on the L type, which might be more aggressive and spread more quickly. On the other hand, the S type, which is evolutionarily older and less aggressive, might have increased in relative frequency due to relatively weaker selective pressure. These findings strongly support an urgent need for further immediate, comprehensive studies that combine genomic data, epidemiological data, and chart records of the clinical symptoms of patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19).